پس از آن كه احمد حسن البكر، رئیس جمهور پیر و ضعیف عراق به تدریج توانایی رسیدگی به امور دفتری خویش را از دست داد، نقش صدام به عنوان چهره دولت عراق در داخل و خارج از كشور پررنگ تر گردید. او به زودی معمار سیاست خارجی عراق شد و در تمامی جلسه¬ها و دیدارهای دیپلماتیك به عنوان نماینده ملت عراق حاضر می شد. در 17 ژوئیه 1968 كودتای نظامی بر ضد حكومت عبدالرحمن محمدعارف صورت گرفت. بعثی ها با وعده های زیاد به سرهنگ عبدالرزاق النایف رئیس ضد اطلاعات ارتش و ژنرال ابراهیم الداود رئیس گارد، عبدالرحمن عارف را وادار به كودتا و عارف را به سمت ترکیه روانه کردند. عبدالرزاق النایف به سمت نخست وزیری و احمد حسن البكر به ریاست جمهوری رسید ولی مغز متفكر كودتا، صدام حسین بود كه با كمك سرتیپ خلبان حردان عبدالغفار التكریتی، حكومت عبدالرحمن عارف را ساقط كرد اما چون سرهنگ نایف و ژنرال داود بعثی نبودند، در 30 ژوئیه 1968 یعنی 16 روز بعد از كودتای 17 ژوئیه، كودتای سرنوشت ساز بعثی برای بعثی ها توسط صدام انجام گرفت و او را به لندن تبعید كرد و ژنرال احمد حسن البكر پست نخست وزیری و ریاست جمهوری را به دست گرفت و صدام حسین به عنوان معاون دبیر كل حزب بعث به معاونت احمد حسن البكر منصوب شد. 

با ظهور صدام حسین به عنوان مرد شماره یک حزب بعث، پیش از آنکه رسما قدرت را به دست بگیرد، عملا تبدیل به رهبر عراق شده بود. وی كم كم شروع به تحكیم قدرت خود بر دولت عراق و حزب بعث كرد. ارتباطات اعضای حزب با دقت كنترل می گردید و حلقه حمایت از صدام در حزب بعث قوی تر می شد. سپس صدام در صدد حذف احمد حسن البکر برآمد. وی در جلسه ای با احمد حسن البکر به او اعلام می کند که در جلسه‌‌ پیش رو باید استعفاء دهد و از قدرت کنار بکشد تا خودش جانشینش شود. البکر وقتی کاملا فهمید که او قدرت اول نیست و نمی‌تواند هیچ کاری انجام دهد، موافقت کرد. در جلسه رسمی حزب، احمد حسن البکر به اعضای حاضر در جلسه اعلام می کند که خسته شده و سنش هم بالا رفته است و نمی‌تواند امور حکومت را اداره کند و به این شکل کنار کشیدنش از مسئولیت را اعلام کرد و صدام حسین را به عنوان جانشین خودش نامزد کرده و اعلام می کند که اطمینان بسیار بالایی دارد که صدام توانمند و با صلاحیت است و توانمندی‌هایی دارد که او را قادر می‌سازد کشتی حکومت را پیش براند و از آن‌ها خواست که از این موضع حمایت و پشتیبانی کنند. اعضای شورای رهبری با این حرف‌ها غافلگیر شدند. ابراهیم الدوری و طه یاسین رمضان که از قبل با صدام حسین هماهنگ بودند از این موضوع حمایت کردند اما مابقی اعضای شورای رهبری کاملا این حس را داشتند که هنوز به احمد حسن البکر احتیاج دارند، به همین جهت به استعفای البکر اعتراض کرده و درخواست کردند او دوره‌ طولانی‌تری در سمتش باقی بماند.

 در راس معترضین عدنان الحمدانی بود که در پست معاونت نخست‌وزیر حضور داشت و در پی آن، وزیر اقتصاد وقت محمد محجوب و در ادامه محمد عایش، محی‌الدین الشمری و غانم عبدالجلیل و مابقی اعضای شورای رهبری انقلاب. البته البکر بر استعفایش اصرار کرد و این اعتراضات را صدام حسین توطئه‌ای ضد بلندپروازی‌های خودش حساب کرد. صدام در 16 ژوئن 1979 با کنار زدن احمد حسن البکر از ریاست جمهوری و نشستن خود بر این کرسی بر قدرت مسلط شد و دو روز بعد در 18 ژوئن در جلسه کنگره‌ حزب بعث، از وجود توطئه‌ای ضد حزب سخن گفت که اتفاقا در تلویزیون هم پخش شد. دبیر شورای رهبری انقلاب، محیی عبدالحسین نیز در جلسه حضور داشت تا جزئیات توطئه‌ کشف شده را تشریح کند. شش روز بعد، در تاریخ ۲۲ ژوئیه سال ۱۹۷۹ میلادی یکی از مخوف ترین صحنه های تاریخ خاورمیانه رقم خورد. صدام با خونسردی تمام پشت تریبون می آید، پکی به سیگار خود زده و اسامی هم حزبی های سابق را که اکنون مهر خیانت به پیشانی آنها خورده صدا می زند و از آنها می خواهد که سالن را ترک نمایند. نام 54 تن از رهبران حزب خوانده شد. اسم هر کس که خوانده می‌شد به عنوان خائنی که باید جلسه را ترک کند تا به حسابش رسیدگی شود، در معیت چند نیروی امنیتی از جلسه بیرون می‌رفت و بعد هم ناپدید می‌شد. از بین این افراد، یک سومِ اعضای شورای رهبری انقلاب هم بودند. بعد از این جریان 300 نفر از رهبران حزب از عرصه ناپدید شدند. صدام با خونسردی عجیب در آخر کار به طور نمادین اشکی هم به یاد رفقای سابق می ریزد که نشان بده چاره ای نداشته است. پرواز داس مرگ بر فراز سالن و در نهایت بازماندگانی که غرق در شادی اند.